2017.05.19 YS

Bioprogramming

 

• How are you?

⇒ '안녕' 같은 그냥 인사. 한마디로 대답하면 된다(good, bad,,,,) 

PERL

use strict; use warning;   my $word;

• use : call / strict : library
• warning : program that warning error
• my : memory의 section을 지정

* library란?  set of (something)

strict의 경우에는 set of program

 

• variable

@ : array

@ 밖에 있는 O를 box or cage라고 생각

cage 안에 a를 넣는다 → set

ex) (1,2,3,4,5)

 

% : hash

%는 key와 value를 반으로 나눈다

ex) (1,2/3,4,5)

 

$ : scalar

$ 뒤에 오는 단어가 하나의 scalar가 된다

ex) 1,2,3,4,5

 

PROGRAMMING

• Programming : communication with computer  /  solve problem

* 수업도 하나의 problem이라고 볼 수있다. 그 과정을 풀어나가는 것이 programming이 되는 것

• Two aspect of bioprogramming

1. Bioprogramming as the natural process of information propagation in the universe
2. Bioprogramming as programming technique in bioinformatics

• IT programming / bioinformatics programming이 다른가?

⇒ different, bioinformatics use biological data for finding nature rule. 

• Bioinformatics : Life를 해킹하는것
• Type of amino acid^[1]

• circuit : species의 whole genome network를 알 수 있다.

• Life에서 특정 molecule이 어떤 기능을 하는지 알아보는 방법은?

⇒ suppress or activate

 

NETWORK BIOLOGY

• My SQL?^[2] (Structured Query Language)

⇒ an open-source relational database management system (RDBMS).

• What is compiler?

⇒ translate 하려면 rule이 필요하다 

⇒ compiler = rule(grammar)

• Machine code(only 0,1) → C → Basic → C⁺⁺ → perl (high level language)
• Noam Chomsky

⇒ an American linguist, philosopher, cognitive scientist, historian, social critic, and political activist.^[3]

⇒ "Universal grammar" 언어는 모두 다르지만 모든 언어의 back bone은 같다

• understanding life that mean understanding inside grammar

Human have "human grammar"

 

 

[1] https://amit1b.wordpress.com/the-molecules-of-life/about/amino-acids/

[2] https://en.wikipedia.org/wiki/MySQL

[3] https://en.wikipedia.org/wiki/Noam_Chomsky

---

Lecture_YS