1) Make a Perl program translating 'all' combinations of triple bases into amino acids YS

From Biolecture.org

Idea

  • 3개의 base를 입력하면 그에 상응하는 amino acid를 알려준다.

 

 

Code

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $codon;

my %triplets = ( "TTT", "F", "TTC", "F", "TTA", "L", "TTG", "L",
                "TCT", "S", "TCC", "S", "TCA", "S", "TCG", "S",
                "TAT", "Y", "TAC", "Y", "TAA", "-", "TAG", "-",
                "TGT", "C", "TGC", "C", "TGA", "-","TGG", "W",
                "CTT", "L", "CTC", "L", "CTA", "L","CTG", "L",
                "CCT", "P", "CCC", "P", "CCA", "P","CCG", "P",
                "CAT", "H", "CAC", "H", "CAA", "Q","CAG", "Q",
                "CGT", "R", "CGC", "R", "CGA", "R","CGG", "R",
                "ATT", "I", "ATC", "I", "ATA", "I","ATG", "M",
                "ACT", "T", "ACC", "T", "ACA", "T","ACG", "T",
                "AAT", "N", "AAC", "N", "AAA", "K","AAG", "K",
                "AGT", "S", "AGC", "S", "AGA", "R","AGG", "R",
                "GTT", "V", "GTC", "V", "GTA", "V","GTG", "V",
                "GCT", "A", "GCC", "A", "GCA", "A","GCG", "A",
                "GAT", "D", "GAC", "D", "GAA", "E","GAG", "E",
                "GGT", "G", "GGC", "G", "GGA", "G","GGG", "G");

print "Put in the codon : ";

$codon=<STDIN>;
chomp $codon;
$codon = uc $codon;


my $translate = $triplets{$codon};
print "The result of translation : ", $translate,"\n";

 

Result

 

Application

  • 긴 sequence를 translation한다.

 

아직못하겠음..

 


yeonsong - bioinformatics