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Created page with "<p>Q.write a simple program to open and write a FASTA file with the content<br /> below:<br /> <br /> >Your_fi..."
<p>Q.write a simple program to open and write a FASTA file with the content<br />
below:<br />
<br />
>Your_first_seq<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA</p>
<p> </p>
<p>A1. the perl code</p>
<p><textarea cols="30" name="code" rows="20">
use warnings;
use strict;
open my $fh, '>', 'fasta.txt';
print "enter your fasta file name\n";
my $seqname = <>;
print $fh '>'. "$seqname";
print "enter your fasta sequence(to end inputing sequence, hit 0 and enter)\n";
while (my $line = <STDIN>) {
last if $line =~ '^0$';
print $fh $line;
}
close $fh;
print "done\n";</textarea></p>
<p>A2. Running in consol</p>
<p><img alt="" src="/ckfinder/userfiles/images/fasta(1).png" style="height:190px; width:649px" /></p>
<p>A3. result file</p>
<p><textarea cols="20" rows="20">>Your_first_seq
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
</textarea></p>
<p>the file name is fasta.txt (format is txt)</p>
below:<br />
<br />
>Your_first_seq<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA<br />
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA</p>
<p> </p>
<p>A1. the perl code</p>
<p><textarea cols="30" name="code" rows="20">
use warnings;
use strict;
open my $fh, '>', 'fasta.txt';
print "enter your fasta file name\n";
my $seqname = <>;
print $fh '>'. "$seqname";
print "enter your fasta sequence(to end inputing sequence, hit 0 and enter)\n";
while (my $line = <STDIN>) {
last if $line =~ '^0$';
print $fh $line;
}
close $fh;
print "done\n";</textarea></p>
<p>A2. Running in consol</p>
<p><img alt="" src="/ckfinder/userfiles/images/fasta(1).png" style="height:190px; width:649px" /></p>
<p>A3. result file</p>
<p><textarea cols="20" rows="20">>Your_first_seq
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
ATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATAATATATATATATATATA
</textarea></p>
<p>the file name is fasta.txt (format is txt)</p>
