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<p>Proteomics</p>
<p>: mass spec, protein chip, protein interaction</p>
<p>++Type of proteomics</p>
<p>Interaction proteomics :protein-protein association</p>
<p>Expression proteomics : protein quantification</p>
<p>Expression 이유? > interaction을 하기 위해</p>
<p>Protein DNA,RNA와 같이 polymer지만 유일하게 shape/FORM이 다 다르다</p>
<p>Protein species 길이가 300aa정도 우리 몸에 있는 gene보다는 많다 원헌드레드싸우젼(십만) 정도 추정.</p>
<p>Alternative splicing gene당 5개 정도 일어난다고 생각 .</p>
<p>Protein space : 300^20 각기 다른 protein종류가 될 수 있는 가능성 모두.</p>
<p>>Pfam : protein family :mother/father/son(서로서로 비슷하고 연관관계가 있다)</p>
<p>>Scop(Classification of protein) : structure of protein :type에 따라 다 다르다 sequence가 다르면 다르다고 생각 하지만 보통 family에 따라 다르다고 생각한다. 교수님께서는 4000개정도라고 생각하심.</p>
<p>>Uniprot: protein sequence</p>
<p>>Interproscan : protein domain</p>
<p>>NCBI NR db</p>
<p> </p>
<p>Protein level에 영향을 주는 것?</p>
<p>>Rate of transcription of the gene</p>
<p>>the efficiency of translation of mran into protein</p>
<p>>The rate of degradation</p>
<p> </p>
<p>Gamma structure 가 없는 이유? > 알파/베타를 발견하고 난 후 다른 특이한 놈이 안나옴</p>
<p>대부분 알파/베타와 비슷한 놈 들이 였음.</p>
<p> </p>
<p>Protein structure</p>
<p>Primary : sequence of a.a</p>
<p>Secondary : 알파-helix/베타 pleated sheet/random coil, turns</p>
<p>Tertiary structure : secondary structure interact with each other (one single chain이 3d를 이루며 자기 스스로 interaction하는 것)</p>
<p>Starting point: N-terminal ending point : C-terminal in chain</p>
<p>Quaternary structure : interaction with more than two chain(different polypeptide)</p>
<p>Sequence structure relationship 염기서열이 단백질의 구조를 결정한다!</p>
<p>Domain : a unit of protein structure independently</p>
<p>구조를 결정하기 위해 여러 방법이 존재한다</p>
<p>x-ray crystallography</p>
<p>nuclear magnetic resonance</p>
<p>bioinformatics-염기만을 가지고 예측</p>
<p>function은 구조에 따라 정해진다 (반대는 아님) 같은 구조라도 여러 개 기능을 가질 수 있다</p>
<p>post translational modification</p>
<p>>glycosylation</p>
<p>>phosphorylation</p>
<p>>sulfation</p>
<p>Protein과 접촉할 수 있는 어떤 물질 – 전부 ligand라고 명명</p>
<p> </p>
<p>Epigenomics</p>
<p>:study of the complete set of epigenetic modification</p>
<p>>reversible reaction</p>
<p>>RNA interference / histone modification / DNA methylation >> gene expression의 변화</p>
<p> </p>
<p>DNA METHYLATION</p>
<p>-Hypomethylation</p>
<p>-hypermethylation</p>
<p>-Is reacted by DNA methyltransferase</p>
<p>>imprinting / x chromosome inactivation / heterochromatin maintenance / developmental control/ tissue specific expression controls</p>
<p>Heterochromatin > methylation으로부터 풀리고 compact되면서 조절되는 부분</p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p> </p>
<p>[[lecture]]</p>
