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<p>17.5.26/genomics</p>
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<p>++가로 : 한사람 또는 한 종의 diversity</p>
<p> 세로 : 한사람 또는 한 종이 가지고 있는 genome을 세로로 나열한것 (variation)</p>
<p>gene environmet penotype / t grap</p>
<p>genotype(선척적인것) and environment(김치를 많이 먹는다. 담배를 많이 핀다. 술을 일절 마시지 않는다 등) and phene/trait(그럼으로써 일어나는 현상들. 예)병) 는 서로서로 연관이있다!</p>
<p><img alt="" src="/ckfinder/userfiles/images/%EC%83%9D%EC%A0%95%EB%B3%B4%ED%95%99%EA%B7%B8%EB%A6%BC!!!.png" style="height:196px; width:300px" /> >geno(genotype)/en(environment)/phe(phenotype) 의 관계를 나타내는 그래프 예시.</p>
<p>이런 그래프를 끊임없이 그려낼 수 있다 서로의 연관성에 의해</p>
<p>>AI(알파고)이용 :방대한 데이터를 가지고 진단을 할 수 있다 빠르고 정확하게.</p>
<p>하지만 이게 요소가 더 복잡해진다면 알파고도 해결하지 못할 것.</p>
<p>>solution</p>
<p>exact data / big computer</p>
<p>Principles & las& algorithms 정확한 데이터를 가지고 좋은 컴퓨터로 여러가지 biology 원리나 법칙을 이용하여 풀어낼수있다</p>
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<p>++EXACT DATA TYPE :</p>
<p>>typing( :PCR) biochip ???????뭐야</p>
<p><span style="color:#FF0000">DNA typing : DNA중 사람들 사이간의 변이가 가장 심한 부분을 PCR을 통해 분석하는것! 이 부분이 손가락 지문과 같이 자신을 대변해주는 sequence부분이다. 주로 친자확인할 때 주로 사용된다!</span></p>
<p><span style="color:#FF0000">biochips(DNA chips) sequence 검색을 위해 DNA를 chips에 옮겨 놓은 것</span></p>
<p>>Sequencing DIGITAL</p>
<p>‘calling 과정’ 각각의 base들이 나 여기있어요!!! 하는 것</p>
<p>Data > datum</p>
<p>Gene을 분석할때는 항상reference와 비교를 통해 분석을 할수있다</p>
<p><span style="color:#FF0000">reference 를 만든다고 했는데 이거는 국제적으로 reference를 위해서는 몇마리 이상 연구해야 해 뭐 이런 규칙이 있나? > nope! 처음한사람 마음! 하지만 마릿수가 작으면작을수록 힘들어진다.</span></p>
<p> </p>
<p>++Genome project for something</p>
<p>1.Sample 정하기</p>
<p>>Sample을 정할때는 항상 이것저것 하는게 아니라 experiment에 맞게 design되어야한다</p>
<p>2.아까 앞에서 배운것과같이 sameple을 토대로 penotype에 대해 분석한다</p>
<p>De novo > no reference</p>
<p>reference 가 없음으로 experiment를 바탕으로 조사</p>
<p>흰호랑이랑 일반 호랑이 비교 > 털 색깔에 대한 정보를 얻을수있다</p>
<p>이때 좀 관련이 없는 살쾡이를 추가하여 상관없는 gene들을 걸러내는데 사용할수있다</p>
<p>Phenotype : 털색깔이 희다 environment : 눈에서 산다 > 우리는 genotype에 대해 알 수있다</p>
<p>클레이드 : 큰 branch</p>
<p>위의 자료를 바탕으로 한 종에 대한 evolution 에 대한 가계도? 를 작성할 수 있다 (그림참조)</p>
<p>클레이드가 큰 두개의 종을 비교하는 것은 매우 어려운 일. 왜냐하면 많은 variation이 있을것이기때문.</p>
<p>Genome assembly : 짧은 seuqnece를 randomly하게 얻은 후 그것을 연결하여 whole seuqnce를 알아내는 방법.</p>
<p>하나의 genome이 끝나게 되면 완성된 종의genome을 referenece로 사용하여 다른 종의 geneome 또한 싸게 알아낼수있다</p>
<p>Phylogenetic 계통발생학</p>
<p>Positively selected gene(psgs)</p>
<p>>>gene을 바탕으로 ‘민첩함’을 만드는 것에 대해 분석</p>
<p>(어떤 근육이 발달하고 청각에 민감하며[[User:SeongEon Park|SeongEon Park]] 23:16, 7 June 2017 (KST)해서 민첩해졌다)뭐 이런거.</p>
<p>seuqnce중에 TTTTGGGCCCGGAGATTR?? >R은 퓨린기를 나타낸다</p>
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<p>[[lecture]]</p>
