2017.6.2-Transcriptomics
Transcriptomics
‘expression’ : functional genomics proteomics( RNA PROTEIN)
두개의 차이는? Dna-cip microarray
DNA >transcription > RNA >translation> PROTEIN
transcription:어떤 것을 COPY 데칼코마니 같은 느낌
translation: 완전히 다른 어떤 것(a.a) 을 어떤 것(triple codon)을 보며 본떠 만드는 것
++DNA VS RAN
>당의 구조가 다름 / SEQUENCE가 다르다(uracil/thymine)
RNA is unstable because of OH group
RNA spicecs : Mrna/ microRNA/Trna/ncRNA(noncoding)/rRAN 등등
RNA는 그 종류와 기능이 다른 애들이 million이나 된다!
>unstable하기 때문에 diverse 하다..!
Half life : DNA는 거의 영구 그러나 RAN는 그 기능이나 종류에 따라 천차만별
Rfma > RNA family Pfma > protein family
Rfma 에 대해 설명해주셨는데 무슨말인지 모르겠다
1gene > 평균적으로 7~8exon 존재
DNA > RNA
mRNA에서 intron을 없애고 원하는 EXON만 가지고 TRASCRIPTION
alternative splicing을 거친 mRNA의 variation은 매우 많다
noncoding DNA //intron
noncoding DNA는 아예 PROTEIN을 만들수 없는 DNA 하나의 큰 부분이 INTRON
intron<noncoding DNA 이런 느낌이다
alternative splicing / gene
less 10 form(professor think)
microarray
두가지 비교군을 잡는다(normal/cancer)
mrna추출 > reverse transcription > 거기에 형광체를 붙인다 > prove에 붙도록해서 이게 normal인지 cancer인지 판별 .근데 중간에 mrna가 transcription되는 과정에서 stange한 애가 생성되면 prove에 붙을 수가 없다. 이게 limitation. Mutation이 일어나면 우리는 determine할수없다는것.
SNP는 걱정할필요가 없다. 이게 SEQUENCE에 대한 게 아니라 정도, 양을 측정하는것.
Normal과 cancer에 다른 labeling을 한다
말 두마리. 하나는 잘달리는 말/하나는 잘 못달리는 말
그리고 달리게했다. 각각의말의 달리기전, 달리고나서의 근육셀,블러드셀을 체취해서 RNA-SEQ를 했다
같은 GENE인데도 REGULATING 이 변함 하나의 gene이 빠르게 하는게 아니라
Alternative splicing form이 변하면서 그 차이를 만드는 것
