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HW1 - Predicting Protein Structure

5,404 bytes added, 21:38, 17 June 2016
Created page with "<table border="0" cellpadding="2" style="width:100%"> <tbody> <tr> <td> <table> <tbody> <tr> <td>Submitted Sequence in <a href="http://zhanglab.ccmb...."
<table border="0" cellpadding="2" style="width:100%">
<tbody>
<tr>
<td>
<table>
<tbody>
<tr>
<td>Submitted Sequence in&nbsp;<a href="http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/FASTA/" target="_blank">FASTA format</a></td>
</tr>
</tbody>
</table>
&nbsp;

<table>
<tbody>
<tr>
<td colspan="2">&gt;protein<br />
MRLPAQLLGLLMLWVPGSSGDVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNTYLNW<br />
FQQRPGQSPRRLIYRVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGLYYCMQHTHWS<br />
PITFGQGTRLEIKR</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
<tr>
<td>&nbsp;
<table>
<tbody>
<tr>
<td>&nbsp;&nbsp;Predicted Secondary Structure</td>
</tr>
</tbody>
</table>
&nbsp;

<table border="0">
<tbody>
<tr>
<td><strong>Sequence</strong></td>
<td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120<br />
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
MRLPAQLLGLLMLWVPGSSGDVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYRVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGLYYCMQHTHWSPITFGQGTRLEIKR</td>
</tr>
<tr>
<td><strong>Prediction</strong></td>
<td>CCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCSSSSCCCCCSSSCCCCCSSSSSSCCCCCCCCCCCCSSSSSCCCCCCCCSSSSSCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSSSSCCCCHHHCSSSSSSCCCCCCCCCCCCCCSSSSCC</td>
</tr>
<tr>
<td><strong>Conf.Score</strong></td>
<td>97258999999841689971077853187254489998898886787623578983578751398999707666143136889988232665887778888989758989865216999995237974875779</td>
</tr>
<tr>
<td>&nbsp;</td>
<td>H:Helix;&nbsp;S:Strand; C:Coil</td>
</tr>
<tr>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
<tr>
<td>&nbsp;
<table>
<tbody>
<tr>
<td>&nbsp;&nbsp;Predicted Solvent Accessibility</td>
</tr>
</tbody>
</table>
&nbsp;

<table border="0">
<tbody>
<tr>
<td><strong>Sequence</strong></td>
<td>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120<br />
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
MRLPAQLLGLLMLWVPGSSGDVVMTQSPLSLPVTLGQPASISCRSSQSLVHSDGNTYLNWFQQRPGQSPRRLIYRVSNRDSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGLYYCMQHTHWSPITFGQGTRLEIKR</td>
</tr>
<tr>
<td><strong>Prediction</strong></td>
<td>75331313131210233341302011234414034634040403122213444443101011234643132002301436332033232333323230404423341202000103463313101432333348</td>
</tr>
<tr>
</tr>
<tr>
<td>&nbsp;</td>
<td>
<p>Values range from&nbsp;<strong>0</strong>&nbsp;(buried residue) to&nbsp;<strong>9</strong>&nbsp;(highly exposed residue)</p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>

<p>&nbsp;</p>

<p>&nbsp;</p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
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