2017.6.7-Proteomics&Epigenomics
Proteomics
: mass spec, protein chip, protein interaction
++Type of proteomics
Interaction proteomics :protein-protein association
Expression proteomics : protein quantification
Expression 이유? > interaction을 하기 위해
Protein DNA,RNA와 같이 polymer지만 유일하게 shape/FORM이 다 다르다
Protein species 길이가 300aa정도 우리 몸에 있는 gene보다는 많다 원헌드레드싸우젼(십만) 정도 추정.
Alternative splicing gene당 5개 정도 일어난다고 생각 .
Protein space : 300^20 각기 다른 protein종류가 될 수 있는 가능성 모두.
>Pfam : protein family :mother/father/son(서로서로 비슷하고 연관관계가 있다)
>Scop(Classification of protein) : structure of protein
+++strucutre?
type에 따라 다 다르다 sequence가 다르면 다르다고 생각 하지만 보통 family에 따라 다르다고 생각한다. 교수님께서는 4000개정도라고 생각하심.
난 솔직히 모호한 대답만을 할수밖에 없다. 내가 가진 과학적 지식이 깊은 것도 아니고 물음도 독창적인게 아닌 이미 누군가 했던 질문이라... 조금만 생각하면 그리고 조금만 행동한다면 답을 얻을수있다.
>Uniprot: protein sequence
>Interproscan : protein domain
>NCBI NR db
Protein level에 영향을 주는 것?
>Rate of transcription of the gene
>the efficiency of translation of mran into protein
>The rate of degradation
Gamma structure 가 없는 이유? > 알파/베타를 발견하고 난 후 다른 특이한 놈이 안나옴
대부분 알파/베타와 비슷한 놈 들이 였음.
Protein structure
Primary : sequence of a.a
Secondary : 알파-helix/베타 pleated sheet/random coil, turns
Tertiary structure : secondary structure interact with each other (one single chain이 3d를 이루며 자기 스스로 interaction하는 것)
Starting point: N-terminal ending point : C-terminal in chain
Quaternary structure : interaction with more than two chain(different polypeptide)
Sequence structure relationship 염기서열이 단백질의 구조를 결정한다!
Domain : a unit of protein structure independently
구조를 결정하기 위해 여러 방법이 존재한다
x-ray crystallography
nuclear magnetic resonance
bioinformatics-염기만을 가지고 예측
function은 구조에 따라 정해진다 (반대는 아님) 같은 구조라도 여러 개 기능을 가질 수 있다
post translational modification
>glycosylation
>phosphorylation
>sulfation
Protein과 접촉할 수 있는 어떤 물질 – 전부 ligand라고 명명
Epigenomics
:study of the complete set of epigenetic modification
>reversible reaction
>RNA interference / histone modification / DNA methylation >> gene expression의 변화
DNA METHYLATION
-Hypomethylation
-hypermethylation
-Is reacted by DNA methyltransferase
>imprinting / x chromosome inactivation / heterochromatin maintenance / developmental control/ tissue specific expression controls
Heterochromatin > methylation으로부터 풀리고 compact되면서 조절되는 부분