Open main menu

Biolecture.org β

Codon code using perl is here

#!/usr/bin/perl


print "\n\n 1. Translate DNA into protein : \n\n"; 

my $dna = '';
my $protein = '';
my $codon;
 sub Codon_table 
    {
    my($codon) = @_;
       if($codon =~ /TTT/i){return 'F'}
    elsif($codon =~ /TTC/i){return 'F'}
    elsif($codon =~ /TTA/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /TTG/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /TCT/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /TCC/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /TCA/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /TCG/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /TAT/i){return 'Y'}
    elsif($codon =~ /TAC/i){return 'Y'}
    elsif($codon =~ /TAA/i){return '-'}
    elsif($codon =~ /TAG/i){return '-'}
    elsif($codon =~ /TGT/i){return 'C'}
    elsif($codon =~ /TGC/i){return 'C'}
    elsif($codon =~ /TGA/i){return '-'}
    elsif($codon =~ /TGG/i){return 'W'}
    elsif($codon =~ /CTT/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /CTC/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /CTA/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /CTG/i){return 'L'}
    elsif($codon =~ /CCT/i){return 'P'}
    elsif($codon =~ /CCC/i){return 'P'}
    elsif($codon =~ /CCA/i){return 'P'}
    elsif($codon =~ /CCG/i){return 'P'}
    elsif($codon =~ /CAT/i){return 'H'}
    elsif($codon =~ /CAC/i){return 'H'}
    elsif($codon =~ /CAA/i){return 'Q'}
    elsif($codon =~ /CAG/i){return 'Q'}
    elsif($codon =~ /CGT/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /CGC/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /CGA/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /CGG/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /ATT/i){return 'I'}
    elsif($codon =~ /ATC/i){return 'I'}
    elsif($codon =~ /ATA/i){return 'I'}
    elsif($codon =~ /ATG/i){return 'M'}
    elsif($codon =~ /ACT/i){return 'T'}
    elsif($codon =~ /ACC/i){return 'T'}
    elsif($codon =~ /ACA/i){return 'T'}
    elsif($codon =~ /ACG/i){return 'T'}
    elsif($codon =~ /AAT/i){return 'N'}
    elsif($codon =~ /AAC/i){return 'N'}
    elsif($codon =~ /AAA/i){return 'K'}
    elsif($codon =~ /AAG/i){return 'K'}
    elsif($codon =~ /AGT/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /AGC/i){return 'S'}
    elsif($codon =~ /AGA/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /AGG/i){return 'R'}
    elsif($codon =~ /GTT/i){return 'V'}
    elsif($codon =~ /GTC/i){return 'V'}
    elsif($codon =~ /GTA/i){return 'V'}
    elsif($codon =~ /GTG/i){return 'V'}
    elsif($codon =~ /GCT/i){return 'A'}
    elsif($codon =~ /GCC/i){return 'A'}
    elsif($codon =~ /GCA/i){return 'A'}
    elsif($codon =~ /GCG/i){return 'A'}
    elsif($codon =~ /GAT/i){return 'D'}
    elsif($codon =~ /GAC/i){return 'D'}
    elsif($codon =~ /GAA/i){return 'E'}
    elsif($codon =~ /GAG/i){return 'E'}
    elsif($codon =~ /GGT/i){return 'G'}
    elsif($codon =~ /GGC/i){return 'G'}
    elsif($codon =~ /GGA/i){return 'G'}
    elsif($codon =~ /GGG/i){return 'G'}
    else{print STDERR "Plz write among TCAG\n\n"; exit;}
    }

for (my $i=0; $i < (length($dna) - 2); $i += 3) 
    {
        $codon = substr($dna,$i,3);
        $protein .= Codon_table($codon);
    }

print "\n 2. DNA\n\n$dna\n\n 3. Protein\n\n$protein\n\n";

exit;