2017.5.26-genomics
17.5.26/genomics
++가로 : 한사람 또는 한 종의 diversity
세로 : 한사람 또는 한 종이 가지고 있는 genome을 세로로 나열한것 (variation)
gene environmet penotype / t grap
genotype(선척적인것) and environment(김치를 많이 먹는다. 담배를 많이 핀다. 술을 일절 마시지 않는다 등) and phene/trait(그럼으로써 일어나는 현상들. 예)병) 는 서로서로 연관이있다!
>geno(genotype)/en(environment)/phe(phenotype) 의 관계를 나타내는 그래프 예시.
이런 그래프를 끊임없이 그려낼 수 있다 서로의 연관성에 의해
>AI(알파고)이용 :방대한 데이터를 가지고 진단을 할 수 있다 빠르고 정확하게.
하지만 이게 요소가 더 복잡해진다면 알파고도 해결하지 못할 것.
>solution
exact data / big computer
Principles & las& algorithms 정확한 데이터를 가지고 좋은 컴퓨터로 여러가지 biology 원리나 법칙을 이용하여 풀어낼수있다
++EXACT DATA TYPE :
>typing( :PCR) biochip ???????뭐야
DNA typing : DNA중 사람들 사이간의 변이가 가장 심한 부분을 PCR을 통해 분석하는것! 이 부분이 손가락 지문과 같이 자신을 대변해주는 sequence부분이다. 주로 친자확인할 때 주로 사용된다!
biochips(DNA chips) sequence 검색을 위해 DNA를 chips에 옮겨 놓은 것
>Sequencing DIGITAL
‘calling 과정’ 각각의 base들이 나 여기있어요!!! 하는 것
Data > datum
Gene을 분석할때는 항상reference와 비교를 통해 분석을 할수있다
reference 를 만든다고 했는데 이거는 국제적으로 reference를 위해서는 몇마리 이상 연구해야 해 뭐 이런 규칙이 있나? > nope! 처음한사람 마음! 하지만 마릿수가 작으면작을수록 힘들어진다.
++Genome project for something
1.Sample 정하기
>Sample을 정할때는 항상 이것저것 하는게 아니라 experiment에 맞게 design되어야한다
2.아까 앞에서 배운것과같이 sameple을 토대로 penotype에 대해 분석한다
De novo > no reference
reference 가 없음으로 experiment를 바탕으로 조사
흰호랑이랑 일반 호랑이 비교 > 털 색깔에 대한 정보를 얻을수있다
이때 좀 관련이 없는 살쾡이를 추가하여 상관없는 gene들을 걸러내는데 사용할수있다
Phenotype : 털색깔이 희다 environment : 눈에서 산다 > 우리는 genotype에 대해 알 수있다
클레이드 : 큰 branch
위의 자료를 바탕으로 한 종에 대한 evolution 에 대한 가계도? 를 작성할 수 있다 (그림참조)
클레이드가 큰 두개의 종을 비교하는 것은 매우 어려운 일. 왜냐하면 많은 variation이 있을것이기때문.
Genome assembly : 짧은 seuqnece를 randomly하게 얻은 후 그것을 연결하여 whole seuqnce를 알아내는 방법.
하나의 genome이 끝나게 되면 완성된 종의genome을 referenece로 사용하여 다른 종의 geneome 또한 싸게 알아낼수있다
Phylogenetic 계통발생학
Positively selected gene(psgs)
>>gene을 바탕으로 ‘민첩함’을 만드는 것에 대해 분석
(어떤 근육이 발달하고 청각에 민감하며SeongEon Park 23:16, 7 June 2017 (KST)해서 민첩해졌다)뭐 이런거.
seuqnce중에 TTTTGGGCCCGGAGATTR?? >R은 퓨린기를 나타낸다