Ilsun Yun/Homework2/SourceCode

#include<iostream>

#include <vector>

#include <algorithm>

using namespace std;
vector<int> output;

int check(int arr[25][25]){
    
    for(int i=0;i<25;i++){
        for(int j=0;j<25;j++){
            if(arr[i][j]>0){
                if(arr[i+1][j+1]==1){
                    arr[i+1][j+1]=arr[i+1][j+1]+arr[i][j];
                    arr[i][j]=0;
                }    
            }
        }
    }
    return arr[25][25];
}

int main()
{
    string sample1 = "AAGAATAGTATTTCGCTTTTTTATA";
    string sample2 = "AGAAATAGTATTTCGGTTAATTATA";
    int samparray[25][25];
    for(int i=0;i<25;i++){
        for(int j=0;j<25;j++){
            if(sample1[i]==sample2[j]){
                samparray[i][j]=1;
            } else {
                samparray[i][j]=0;
            }        
        }

    }
    check(samparray);
    
    for(int i=0;i<25;i++){    
        for(int j=0;j<25;j++){
            
            cout<<samparray[i][j]<<" ";                
        }
        cout <<endl;
    }
    cout <<"The contigs sorting..." << endl;
    
    for(int i=0;i<25;i++){
        for(int j=0;j<25;j++){
            if(samparray[i][j]>0){
                int a = samparray[i][j];
                output.push_back(a);
            }    
        }
    }    
    
    sort(output.begin(),output.end());
    for(int i=output.size()-1;i>=0;i--){
        cout<<output[i]<<endl;
    }
    

}