2017.6.7-Proteomics&Epigenomics

Proteomics

 

: mass spec, protein chip, protein interaction

++Type of proteomics

Interaction proteomics :protein-protein association

Expression proteomics : protein quantification

Expression 이유? > interaction을 하기 위해

Protein DNA,RNA와 같이 polymer지만 유일하게 shape/FORM이 다 다르다

Protein species 길이가 300aa정도 우리 몸에 있는 gene보다는 많다 원헌드레드싸우젼(십만) 정도 추정.

Alternative splicing gene당 5개 정도 일어난다고 생각 .

Protein space : 300^20 각기 다른 protein종류가 될 수 있는 가능성 모두.

>Pfam : protein family :mother/father/son(서로서로 비슷하고 연관관계가 있다)

>Scop(Classification of protein) : structure of protein :type에 따라 다 다르다 sequence가 다르면 다르다고 생각 하지만 보통 family에 따라 다르다고 생각한다. 교수님께서는 4000개정도라고 생각하심.

>Uniprot: protein sequence

>Interproscan : protein domain

>NCBI NR db

 

Protein level에 영향을 주는 것?

>Rate of transcription of the gene

>the efficiency of translation of mran into protein

>The rate of degradation

 

Gamma structure 가 없는 이유? > 알파/베타를 발견하고 난 후 다른 특이한 놈이 안나옴

대부분 알파/베타와 비슷한 놈 들이 였음.

 

Protein structure

Primary : sequence of a.a

Secondary : 알파-helix/베타 pleated sheet/random coil, turns

Tertiary structure : secondary structure interact with each other (one single chain이 3d를 이루며 자기 스스로 interaction하는 것)

Starting point: N-terminal ending point : C-terminal in chain

Quaternary structure : interaction with more than two chain(different polypeptide)

Sequence structure relationship 염기서열이 단백질의 구조를 결정한다!

Domain : a unit of protein structure independently

구조를 결정하기 위해 여러 방법이 존재한다

x-ray crystallography

nuclear magnetic resonance

bioinformatics-염기만을 가지고 예측

function은 구조에 따라 정해진다 (반대는 아님) 같은 구조라도 여러 개 기능을 가질 수 있다

post translational modification

>glycosylation

>phosphorylation

>sulfation

Protein과 접촉할 수 있는 어떤 물질 – 전부 ligand라고 명명

 

Epigenomics

:study of the complete set of epigenetic modification

>reversible reaction

>RNA interference / histone modification / DNA methylation >> gene expression의 변화

 

DNA METHYLATION

-Hypomethylation

-hypermethylation

-Is reacted by DNA methyltransferase

>imprinting / x chromosome inactivation / heterochromatin maintenance / developmental control/ tissue specific expression controls

Heterochromatin > methylation으로부터 풀리고 compact되면서 조절되는 부분

 

 

 

 

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