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<p>20170602 Bioinformatics class lecture note</p>
<hr />
<p>Markov Chain and Hidden Markov Model.</p>
<p>> Determined by frequency of previous exons. // relationship</p>
<p>> Really powerful Algorithm.</p>
<p>> stocastic? : Changable...</p>
<p>> 각각의 UTR을 이루는 염기에 각각의 확률이 있다. 이것을 수학적으로 계산하면 UTR을 계산할 수 있다.</p>
<p>> 각각 확률을 점수로 매겨서, 점수가 높으면(score) UTR로 생각할 수 있다. // 반대의 경우도 가능하다.</p>
<p>> 매우 적합한 모델을 만들면, 점수를 check 함으로써 UTR의 위치를 확인할 수 있다.</p>
<p>> Homework : get some human sequences and make a predict model.</p>
<p> </p>
<p>Expression > Functional Genomics, Proteomics</p>
<p>> DNA chips, microarray, RNA-squ</p>
<p> </p>
<p>What is RNA?</p>
<p>> pretty important molecule before proteins.</p>
<p>> Tranciption : Reflection, copy ( one to one )</p>
<p>> Translation : change ( not one to one ) , There are big jumps.. </p>
<p>> Major differences : Uracil, OH group < unstable.. RNA는 oxygen을 포함하고 있다.</p>
<p>> 산소는 Degrade를 촉진시킨다.</p>
<p>> tens of millions of RNA is existing in a cell.</p>
<p>> RNA의 반감기는 정말 다양하다. > 예측할 수가 없다.</p>
<p>> 반감기 1일 x 100개 보다 반감기 100일 x 5개 가 더 많다.</p>
<p> </p>
<p>RFAM</p>
<p>> Pfam : Protein familiy..</p>
<p>> Hidden Markov Model, 을 이용하여 RNA 의 Database를 만들어놓았다.</p>
<p> </p>
<p>인간 유전자에는 7 ~ 8개의 exon이 있다.</p>
<p> </p>
<p>Non-coding region 에 Intron이 포함된다.<br />
Normally, an exon doesn't have a functional protein.</p>
<hr />
<p>Markov Chain and Hidden Markov Model.</p>
<p>> Determined by frequency of previous exons. // relationship</p>
<p>> Really powerful Algorithm.</p>
<p>> stocastic? : Changable...</p>
<p>> 각각의 UTR을 이루는 염기에 각각의 확률이 있다. 이것을 수학적으로 계산하면 UTR을 계산할 수 있다.</p>
<p>> 각각 확률을 점수로 매겨서, 점수가 높으면(score) UTR로 생각할 수 있다. // 반대의 경우도 가능하다.</p>
<p>> 매우 적합한 모델을 만들면, 점수를 check 함으로써 UTR의 위치를 확인할 수 있다.</p>
<p>> Homework : get some human sequences and make a predict model.</p>
<p> </p>
<p>Expression > Functional Genomics, Proteomics</p>
<p>> DNA chips, microarray, RNA-squ</p>
<p> </p>
<p>What is RNA?</p>
<p>> pretty important molecule before proteins.</p>
<p>> Tranciption : Reflection, copy ( one to one )</p>
<p>> Translation : change ( not one to one ) , There are big jumps.. </p>
<p>> Major differences : Uracil, OH group < unstable.. RNA는 oxygen을 포함하고 있다.</p>
<p>> 산소는 Degrade를 촉진시킨다.</p>
<p>> tens of millions of RNA is existing in a cell.</p>
<p>> RNA의 반감기는 정말 다양하다. > 예측할 수가 없다.</p>
<p>> 반감기 1일 x 100개 보다 반감기 100일 x 5개 가 더 많다.</p>
<p> </p>
<p>RFAM</p>
<p>> Pfam : Protein familiy..</p>
<p>> Hidden Markov Model, 을 이용하여 RNA 의 Database를 만들어놓았다.</p>
<p> </p>
<p>인간 유전자에는 7 ~ 8개의 exon이 있다.</p>
<p> </p>
<p>Non-coding region 에 Intron이 포함된다.<br />
Normally, an exon doesn't have a functional protein.</p>
